1) Каждый раз, перед прочтением нового запроса с флагом “Первичная загрузка”, необходимо аккуратно очистить регистр “Несопоставленные объекты ЕИСУ КС” сформированные предыдущим запросом.
Для откройте регистр “Несопоставленные объекты ЕИСУ КС” ( Информационное взаимодействие / Интеграция с ЕИСУ КС / Несопоставленные объекты ЕИСУ КС) 
 

Найдите в столбце источник нужный запрос, из контекстного меню (правая кнопка мыши) выберите: Найти: Источник кадровых сведений

В видимом списке останутся только те сведения, которые содержаться в выбранном запросе.
Далее выделите всё (Ctrl+a) и удалите (Delete).

Ознакомьтесь с видео: